Fotografia de J. J. Nunes [Revista Lusitana, 30, inter 312-313]

Os estudos primários e secundários decorreram no Algarve natal. Sacerdote, chegou a capelão militar em 1889, enquanto ia exercendo como professor em escolas particulares (Lagos, Santarém), liceus (Beja, Santarém, Camões) e no Colégio Militar. Desde 1913 é sócio correspondente da Academia das Ciências de Lisboa (passou a efectivo em 1926). Um ano depois, torna-se professor da Faculdade de Letras de Lisboa, já com 55 anos, leccionando no grupo de Filologia Clássica. Tornou-se catedrático a partir de 1917 e foi director da Faculdade um ano antes de, por chegar à idade limite, se ter retirado (1929). Muitos lhe gabaram o baixo perfil, a capacidade pedagógica e os conhecimentos de latim e de grego (com os amigos Leite de Vasconcelos e José Maria Rodrigues, seus colegas na Faculdade, parece se carteava em latim e em grego, respectivamente). Quando, viúvo, morreu de pneumonia, fazia um ano que se reconciliara com a igreja, de que estivera desavindo desde que casara civilmente.
O grosso da sua bibliografia corresponde a artigos para a Revista Lusitana (ora trabalhos de lexicografia, dialectal e histórica, ora edições de textos medievais, nomeadamente vidas de santos), para o Boletim da Academia, mais edições em volumes (Crónica da ordem dos Frades Menores (1209-1285), 2 vols., 1918; Evolução da língua portuguesa, exemplificada em duas lições principalmente da mesma versão da Regra de S. Bento, 1926); Cantigas d'amigo dos trovadores galego-portugueses, 3 vols., 1926-8; Cantigas d'amor dos trovadores galego-portugueses, 1932), estudos avulsos de etimologia (vários dos quais sobre o onomástico), compêndios de gramática histórica e antologias (Chrestomatia archaica, 1906, 2ª ed., 1921; Compêndio de gramática histórica portuguesa, 1919; Florilégio da literatura portuguesa arcaica, 1932).

Dedicatória autógrafa a Cláudio Basto, na folha de guarda de exemplar da Crónica da ordem dos Frades Menores

É verdade que as suas edições frequentemente foram entretanto superadas por outras mais recentes, o que se compreende se lembrarmos que José Joaquim Nunes pertenceu à geração pioneira da linguística portuguesa e que não foram poucos os inéditos que lhe coube revelar. Quanto aos livros didácticos, que visavam também um público dos liceus, são hoje incompatíveis com "os espíritos juvenis, a quem sobretudo os destino"; esses compêndios de Nunes, se não resistem sempre às novidades trazidas por estudos monográficos, ainda podem cumprir funções de enquadramento geral na descrição dos fenómenos da fonética histórica do português.